COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-06 17:00:00 6.259430 14.211627 14.576633
2021-02-05 17:00:00 14.772408 14.772408 14.709452
2021-02-04 17:00:00 14.618406 14.618406 14.744346
2021-02-03 17:00:00 14.196680 14.196680 14.778100
2021-02-02 17:00:00 12.845745 14.502993 14.789080
2021-02-01 17:00:00 16.227118 16.227118 14.897534
2021-01-31 17:00:00 13.790906 13.790906 14.952906

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-06 17:00:00 14.233781 14.233781 11.705723
2021-02-05 17:00:00 9.151194 9.151194 11.778915
2021-02-04 17:00:00 16.204559 16.204559 11.616638
2021-02-03 17:00:00 15.057009 15.057009 11.602170
2021-02-02 17:00:00 6.683641 6.683641 11.111752
2021-02-01 17:00:00 2.105401 5.099778 10.404021
2021-01-31 17:00:00 4.321187 12.556614 9.519155

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-06 17:00:00 11.691884 11.691884 13.608377
2021-02-05 17:00:00 12.842713 12.842713 13.759393
2021-02-04 17:00:00 10.608424 10.608424 13.914803
2021-02-03 17:00:00 18.528610 18.528610 14.362009
2021-02-02 17:00:00 10.658915 10.658915 14.707171
2021-02-01 17:00:00 9.219858 48.226950 15.340966
2021-01-31 17:00:00 9.698997 9.698997 15.770532

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-06 17:00:00 8.222037 8.222037 8.313649
2021-02-05 17:00:00 10.883424 10.883424 8.473655
2021-02-04 17:00:00 8.067093 8.067093 8.606773
2021-02-03 17:00:00 10.868079 7.689679 8.675640
2021-02-02 17:00:00 6.680080 6.680080 8.858328
2021-02-01 17:00:00 10.322922 10.322922 8.941885
2021-01-31 17:00:00 7.327259 7.327259 9.114030

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-06 17:00:00 1.159590 13.822083 14.085828
2021-02-05 17:00:00 14.513598 14.513598 14.277065
2021-02-04 17:00:00 13.878652 13.878652 14.091298
2021-02-03 17:00:00 13.686083 13.686083 13.970366
2021-02-02 17:00:00 12.332260 12.332260 14.101056
2021-02-01 17:00:00 28.761574 28.761574 14.212674
2021-01-31 17:00:00 11.434868 11.434868 13.998974

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-06 17:00:00 26.079578 26.079578 25.829551
2021-02-05 17:00:00 26.729375 26.729375 26.255753
2021-02-04 17:00:00 22.115028 22.115028 26.632022
2021-02-03 17:00:00 24.202497 24.202497 26.776973
2021-02-02 17:00:00 17.124489 17.124489 27.181763
2021-02-01 17:00:00 42.985685 42.985685 27.769381
2021-01-31 17:00:00 36.716504 36.716504 27.843872

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-06 17:00:00 8.951019 19.403336 18.137885
2021-02-05 17:00:00 15.621716 15.621716 18.320889
2021-02-04 17:00:00 18.566946 18.566946 18.757081
2021-02-03 17:00:00 17.974026 17.974026 18.792699
2021-02-02 17:00:00 19.282511 19.282511 18.699009
2021-02-01 17:00:00 17.622951 17.622951 18.778779
2021-01-31 17:00:00 21.926910 21.926910 18.925059

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-06 17:00:00 5.067720 5.067720 5.619890
2021-02-05 17:00:00 5.302291 5.302291 5.719157
2021-02-04 17:00:00 4.923877 4.923877 5.805511
2021-02-03 17:00:00 6.423841 6.423841 5.967765
2021-02-02 17:00:00 5.865961 5.865961 6.050835
2021-02-01 17:00:00 9.584280 6.693724 6.099008
2021-01-31 17:00:00 6.130144 6.130144 6.175996

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-06 17:00:00 15.907781 15.907781 14.920375
2021-02-05 17:00:00 12.943470 12.943470 14.657367
2021-02-04 17:00:00 22.765363 13.570764 14.466010
2021-02-03 17:00:00 15.061409 15.061409 14.104008
2021-02-02 17:00:00 14.432990 14.432990 13.636310
2021-02-01 17:00:00 20.580110 37.430939 13.244646
2021-01-31 17:00:00 16.821918 16.821918 13.063269

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-06 17:00:00 21.934527 21.934527 17.721254
2021-02-05 17:00:00 22.137742 15.436301 17.922007
2021-02-04 17:00:00 19.657735 19.657735 18.332245
2021-02-03 17:00:00 18.012229 18.012229 18.736694
2021-02-02 17:00:00 20.212766 10.334863 19.156235
2021-02-01 17:00:00 19.128456 19.128456 19.575366
2021-01-31 17:00:00 19.527431 19.527431 19.952672

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-06 17:00:00 12.831077 12.831077 12.776511
2021-02-05 17:00:00 13.324751 13.324751 12.704519
2021-02-04 17:00:00 14.384177 14.384177 12.794723
2021-02-03 17:00:00 13.429888 13.429888 12.864604
2021-02-02 17:00:00 8.653846 8.653846 12.839209
2021-02-01 17:00:00 19.129555 13.131638 12.805031
2021-01-31 17:00:00 14.416567 14.416567 12.989275

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-06 17:00:00 9.898477 9.898477 9.954993
2021-02-05 17:00:00 11.649366 9.111880 9.983740
2021-02-04 17:00:00 13.029316 13.029316 10.013699
2021-02-03 17:00:00 7.323944 9.961686 9.892026
2021-02-02 17:00:00 8.659218 10.038363 9.713202
2021-02-01 17:00:00 10.485437 6.914213 9.604377
2021-01-31 17:00:00 10.532276 10.532276 9.565736

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-06 17:00:00 102.035623 102.035623 85.323597
2021-02-05 17:00:00 79.330254 79.330254 85.220145
2021-02-04 17:00:00 101.771117 101.771117 84.460468
2021-02-03 17:00:00 71.055495 71.055495 83.356973
2021-02-02 17:00:00 94.526627 94.526627 82.599405
2021-02-01 17:00:00 27.622378 79.194631 81.605062
2021-01-31 17:00:00 33.865120 61.487821 79.769553

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-06 17:00:00 83.734940 83.734940 NaN
2021-02-05 17:00:00 84.166667 84.166667 NaN
2021-02-04 17:00:00 68.181818 68.181818 NaN
2021-02-03 17:00:00 116.000000 116.000000 NaN
2021-02-02 17:00:00 44.215938 44.215938 NaN
2021-02-01 17:00:00 37.857143 147.857143 NaN
2021-01-31 17:00:00 45.454545 45.454545 NaN

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-06 17:00:00 15.940418 15.940418 14.346094
2021-02-05 17:00:00 14.735516 12.043451 14.592959
2021-02-04 17:00:00 17.885638 17.885638 14.422080
2021-02-03 17:00:00 13.532716 13.532716 14.468708
2021-02-02 17:00:00 13.447003 13.447003 14.388541
2021-02-01 17:00:00 20.015576 14.382403 14.520116
2021-01-31 17:00:00 15.540150 15.540150 14.607668

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-06 17:00:00 23.792395 23.792395 24.013873
2021-02-05 17:00:00 28.151066 28.151066 23.738975
2021-02-04 17:00:00 27.045770 27.045770 23.940122
2021-02-03 17:00:00 24.432483 24.432483 24.165557
2021-02-02 17:00:00 16.507042 16.507042 23.919067
2021-02-01 17:00:00 16.652021 24.369336 24.428344
2021-01-31 17:00:00 99.165121 26.808777 25.185850

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-06 17:00:00 5.484862 5.484862 6.277460
2021-02-05 17:00:00 7.074090 7.074090 6.490406
2021-02-04 17:00:00 9.606373 9.606373 6.675932
2021-02-03 17:00:00 4.746100 4.746100 6.846600
2021-02-02 17:00:00 2.914614 2.914614 6.868317
2021-02-01 17:00:00 11.212397 5.049261 7.102951
2021-01-31 17:00:00 9.090909 9.090909 7.249964

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-06 17:00:00 13.261421 13.261421 14.260447
2021-02-05 17:00:00 11.045365 14.990138 14.421817
2021-02-04 17:00:00 13.294019 13.294019 14.517663
2021-02-03 17:00:00 14.198718 14.198718 14.618918
2021-02-02 17:00:00 16.359102 16.359102 14.759571
2021-02-01 17:00:00 17.847158 12.906487 14.924734
2021-01-31 17:00:00 14.464646 14.464646 15.037518

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-06 17:00:00 9.038682 9.038682 8.163997
2021-02-05 17:00:00 9.308792 9.308792 8.085282
2021-02-04 17:00:00 9.633667 9.633667 8.053602
2021-02-03 17:00:00 6.426405 7.659160 7.965453
2021-02-02 17:00:00 6.682298 6.682298 7.863250
2021-02-01 17:00:00 9.678256 5.288530 7.918444
2021-01-31 17:00:00 7.089241 7.089241 7.945161

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-06 17:00:00 25.397974 25.397974 25.299632
2021-02-05 17:00:00 29.632107 29.632107 24.986788
2021-02-04 17:00:00 26.341808 26.341808 24.960492
2021-02-03 17:00:00 30.171278 30.171278 25.111782
2021-02-02 17:00:00 19.957687 19.957687 24.725984
2021-02-01 17:00:00 74.093264 23.658192 24.508069
2021-01-31 17:00:00 23.728814 23.728814 24.267154

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-06 17:00:00 13.333333 13.333333 9.327552
2021-02-05 17:00:00 8.888889 8.888889 9.377978
2021-02-04 17:00:00 13.095238 13.095238 9.208949
2021-02-03 17:00:00 13.253012 13.253012 9.599152
2021-02-02 17:00:00 3.333333 3.333333 9.221133
2021-02-01 17:00:00 13.043478 3.571429 9.249983
2021-01-31 17:00:00 15.533981 15.533981 9.725651

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-06 17:00:00 30.262200 30.262200 25.252115
2021-02-05 17:00:00 25.056264 25.056264 25.784641
2021-02-04 17:00:00 28.589662 28.589662 25.493392
2021-02-03 17:00:00 21.764706 21.764706 25.597093
2021-02-02 17:00:00 26.158382 26.158382 25.669131
2021-02-01 17:00:00 33.574720 18.579235 25.442102
2021-01-31 17:00:00 21.573714 21.573714 25.959976

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 14.233781 14.233781 11.705723
Basilicata 11.691884 11.691884 13.608377
Calabria 8.222037 8.222037 8.313649
Campania 1.159590 13.822083 14.085828
Emilia-Romagna 26.079578 26.079578 25.829551
Friuli Venezia Giulia 8.951019 19.403336 18.137885
Lazio 5.067720 5.067720 5.619890
Liguria 15.907781 15.907781 14.920375
Lombardia 21.934527 21.934527 17.721254
Marche 12.831077 12.831077 12.776511
Molise 9.898477 9.898477 9.954993
P.A. Bolzano 102.035623 102.035623 85.323597
P.A. Trento 83.734940 83.734940 NaN
Piemonte 15.940418 15.940418 14.346094
Puglia 23.792395 23.792395 24.013873
Sardegna 5.484862 5.484862 6.277460
Sicilia 13.261421 13.261421 14.260447
Toscana 9.038682 9.038682 8.163997
Umbria 25.397974 25.397974 25.299632
Valle d'Aosta 13.333333 13.333333 9.327552
Veneto 30.262200 30.262200 25.252115

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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